Od začátku roku bylo takzvaně sekvenováno 4200 vzorků pozitivních na covid-19, tedy byla přečtena genetická informace viru. Z nich 800 přibylo nově za červen. Na webu dnes SZÚ uvedl, že proces od odběru vzorku pro potvrzení mutace trvá 20 až 30 dní.

„Pokud budu hovořit o variantách zájmu, takzvaných „variant of concern“, tak kromě britské varianty B117, původně tedy alfa, evidujeme 27 případů delty, sumárně 59 případů bety, to je jihoafrická varianta, a nově sedm případů gamy, tzv. B1, tedy brazilské varianty,“ řekla Radiožurnálu vedoucí Národní referenční laboratoře SZÚ Helena Jiřincová.

Podezření, že by mohlo jít o jinou než britskou mutaci, která v ČR od ledna převažuje, laboratoře mohou získat už při PCR testu. Poté posílají výsledky na další potvrzení do laboratoří, které dokážou vzorky sekvenovat.

„PCR metoda je oproti sekvenaci rychlá, cenově dostupná a pro hygieniky velmi efektivní. Umožňuje sledovat mutace, které jsou v popředí zájmu a okamžitě reagovat. Nicméně je možné naráz sledovat jen omezený počet. Výsledky jsou dostupné v řádu hodin až dne,“ napsala Jiřincová na webu SZÚ.

Sekvenace podle ní umožňuje sledovat změny v genomu, které se projevují záměnami neukleotidů viru. Ty mění složení aminokyselin a ovlivňují strukturu virového proteinu. Některé mohou být významné a vést třeba ke snížení protilátek nebo zvýšit nakažlivost viru. „Laboratoře nám zasílají k sekvenaci určitý počet vzorků z určitého časového období nebo jsou vzorky zasílány na základě příkazu hygieny,“ uvedla ředitelka laboratoře. Obvyklý počet je 20 až 90 vzorků z jedné laboratoře.

Cílem Národní referenční laboratoře je takto vyšetřit pět procent pozitivních vzorků. Chce je vybírat náhodně a zároveň se zaměřovat na ty pozitivní případy, kde nastala reinfekce, selhalo očkování, objevil se těžký průběh u lidí mladších 50 let, nebo na větší ohniska. Vláda schválila, že se bude vyšetřovat kolem 4000 vzorků měsíčně. Podle Jiřincové bude ministerstvo zdravotnictví proplácet sekvenace od 1. července.

Odborníci upozorňují na to, že import a šíření viru s novými mutacemi je v současné době asi největším rizikem. Některé varianty dokážou překonávat protilátky vytvořené po nákaze nebo po očkování, zejména po jedné dávce. I v ČR se proto znovu zkrátil interval po podání druhé dávky u vakcíny Moderna na nejvýše 35 dní. U nejvíce podávané od Pfizer/BioNTech ale zůstává na 42 dnech a u AstraZeneky na 90 dnech.

Delta mutace je příčinou současné další vlny epidemie ve Velké Británii. Nakažení po očkování ale většinou nemají vážné příznaky a nepotřebují nemocniční léčbu. Přesto je například podle členů Mezioborové skupiny pro epidemické situace (MeSES) potřeba testovat zaměstnance vracející se do firem ze zahraničí nebo děti po návratu do škol z prázdnin.