V současnosti se na ministerstvu o proplacení jednoho projektu z českých peněz rozhoduje. Od prosince 2018 už byl také jeden projekt Agrofertu resortem proplacen. 

Poté, co do Česka dorazily předběžné závěry auditů k možnému střetu zájmů Andreje Babiše, přitom Státní zemědělský fond přestal preventivně zemědělské investiční dotace Agrofertu vyplácet. 

Podle mluvčí ministerstva průmyslu Štěpánky Filipové vzniká závazek proplatit dotaci už tím, že jsou peníze na určitý projekt přislíbeny.

Koncem loňského roku zástupci Evropské komise českému ministerstvu financí doporučili, aby žádosti Agrofertu neposílalo k proplacení, neboť již v té době se řešil možný střet zájmů Andreje Babiše. Ministerstvo doporučení komise vyhovělo, zároveň informovalo resorty, které o udílení jednotlivých dotací rozhodují. Ministerstvo financí ale tvrdí, že nemůže dalším resortům nařídit, aby peníze přestaly vyplácet také ze státního rozpočtu.

"Rozhodnutí nežádat proplacení projektů Agrofertu Evropskou komisí bylo správné a bylo na rozhodnutí ministerstva financí, s čímž Evropská komise souhlasila. Rozhodnutí neproplatit dotaci subjektu, který na dotaci má dle rozhodnutí o poskytnutí dotace nárok, je úplně jiná situace," uvedl pro iROZHLAS.cz náměstek pro evropské fondy na resortu průmyslu Marian Piecha.

Hrozil by nám soud, tvrdí Havlíček 

Ministr průmyslu a obchodu Karel Havlíček v pondělí odpoledne také prohlásil, že není jiné cesty, neboť by prý resortu hrozily soudní pře. Uvedl, že každá dotace je posuzována individuálně 

Popsal také postup v případě, že se podezření na pochybení potvrdí. "Pokud se prokáže to, že došlo k nějakému pochybení, tak se samozřejmě neproplatí nic. Pokud se neprokáže nic, proplatí se a třeba v čase se ukáže, že se proplácet nemělo, tak se to pochopitelně po tom subjektu chce nazpátek."

Systém čerpání dotací je založen na systému předfinancování ze státního rozpočtu. Evropská komise peníze proplatí až po splnění určitých podmínek. Projekty holdingu, které nyní ministerstvo k proplacení do Bruselu nezaslalo, tak byly uhrazeny ze státního rozpočtu.