„Česká republika včera (8. března) odeslala Stálému zastoupení ČR v Bruselu odpověď na dopis Evropské komise (EK) na závěrečnou auditní zprávu EK. Na žádost komise zůstává obsah odpovědi i veškerá komunikace stále v důvěrném režimu, a to až do ukončení celého řízení. Další postup ze strany Evropské komise nelze v tuto chvíli predikovat,“ uvedlo ministerstvo pro místní rozvoj.

Evropská komise zaslala v listopadu 2019 českým úřadům konečnou auditní zprávu týkající se dotací z unijních fondů vyplácených Agrofertu. V předběžné auditní zprávě Evropská komise konstatovala, že Babiš je ve střetu zájmů, protože má stále vliv na Agrofert, přestože ho vložil do svěřenských fondů. ČR by kvůli takovému hodnocení mohla vracet do unijního rozpočtu kolem 450 milionů korun.

Babiš možnost střetu zájmů odmítá a tvrdí, že Česká republika žádné peníze Bruselu vracet nebude. Podle několika europoslanců zástupci EK sdělili členům výboru Evropského parlamentu, že závěry auditu EK týkající se Babiše potvrzují jeho střet zájmů.

Kontrolní výbor Evropského parlamentu loni v květnu Babiše v nezávazných doporučeních vyzval, aby odstoupil, nebo přestal přes firmy spojené s Agrofertem inkasovat peníze z unijního rozpočtu, pokud se jeho střet zájmů skutečně prokáže.

O možném Babišově střetu zájmů se mluví prakticky od jeho vstupu do politiky a zejména poté, co se v roce 2013 jeho hnutí dostalo do Poslanecké sněmovny a Babiš v lednu 2014 usedl do křesla ministra financí. Agrofert, jehož byl tehdy majitelem, je jedničkou zemědělsko-potravinářského sektoru i druhou nejvýznamnější skupinou chemického průmyslu v ČR. Výrazné bylo i Babišovo angažmá v médiích, skupina Mafra vlastněná Agrofertem patří k největším mediálním domům v ČR.

Podle novely zákona o střetu zájmů, přijaté začátkem roku 2017 přes odpor hnutí ANO a veto prezidenta Miloše Zemana, smějí členové kabinetu ovládat firmy, ty ale nemají přístup k veřejným zakázkám a nenárokovým dotacím. Omezení platí pro firmy, v nichž ministři drží nejméně 25 procent. Zákon zakazuje členům vlády i dalším činitelům provozovat rozhlasové a televizní vysílání a vydávat periodický tisk. Babiš v reakci na normu v únoru 2017 vložil akcie firem Agrofert a SynBiol do svěřenských fondů.