Státní zástupce Jaroslav Šaroch v obžalobě tvrdí, že Babiš zajistil na přelomu let 2007 a 2008 vyvedení společnosti Farma Čapí hnízdo z Agrofertu a prodej akcií svým dětem a partnerce. Podle žalobce to udělal proto, aby společnost zdánlivě splňovala podmínky k získání dotace pro malé a střední podniky. Nagyová podle obžaloby úspěšnou žádost o dotaci podala. Nagyovou viní žalobce z dotačního podvodu a poškození finančních zájmů EU, Babiše z pomoci k dotačnímu podvodu.

Ve středu městský soud plánuje vyslechnout svědka navrženého obhajobou, jde o bývalého člena představenstva firmy ZZN Pelhřimov, která Babišově rodině akcie Čapího hnízda prodala. Podle mluvčího soudu Adama Weniga je také v plánu výslech dvou znalců a provedení listinných důkazů. "Plánované doplnění dokazování se zatím nejeví časově příliš náročné, proto v případě, že se nevyskytnou zásadní komplikace, případně nebudou učiněny další důkazní návrhy, které by soud posoudil jako důvodné, mohly by závěrečné řeči zaznít," uvedl Wenig.

"Vše se bude odvíjet od průběhu hlavního líčení a záležet bude samozřejmě i na tom, kolik času si vyžádá porada senátu. Obecně mohu uvést, že vyhlášení rozsudku nelze vyloučit," doplnil mluvčí. Z hlavního líčení se podle něj zatím žádný svědek ani znalec neomluvil, dorazit by měli i oba obžalovaní.

Trestní senát městského soudu před více než rokem rozhodl, že se neprokázalo, že by Babiš s Nagyovou vyčlenili společnost Farma Čapí hnízdo z holdingu Agrofertu účelově proto, aby mohli požádat o dotaci. Odkázal především na výslech svědka Jana Bareše, který ve své výpovědi vyloučil, že by úvahy o dotaci hrály roli při rozhodování, že se Farma Čapí hnízdo z Agrofertu vyčlení. Bareš také před soudem řekl, že ho Babiš ujistil, že má zájem v projektu pokračovat, i kdyby společnost dotaci nezískala.

Agrofert, který Babiš později vložil do svěřenských fondů, a Farma Čapí hnízdo si navíc podle soudu vzájemně nekonkurovaly na stejných či sousedních trzích, což hraje roli při posouzení propojenosti podniků. Aby společnost Farma Čapí hnízdo neměla na dotaci nárok, muselo by totiž být podle soudu prokázáno působení propojených společností na stejném či podobném trhu.

Nepravomocný rozsudek ale loni v září zrušil odvolací Vrchní soud v Praze. Mimo jiné uvedl, že osvobozující verdikt měl vady, které odvolací senát nemohl sám napravit. Postup trestního senátu při zpracování důkazů byl podle odvolacího soudu "nepřesvědčivý, nedůsledný a neúplný". Městský soud podle něj některé důkazy pominul, k jejich hodnocení přistupoval selektivně a nepodrobil je komplexnímu hodnocení. To podle odvolacího soudu vedlo až k "hypotetickým závěrům". Napadený rozsudek tak obsahoval rozpory a zjištění, která podle vrchního soudu vyznívají nelogicky.

Městský soud by se podle odvolacího senátu měl například důsledněji zabývat tím, jakou měl zamýšlený projekt ekonomickou perspektivu. Musí podle něj znovu vyslechnout zpracovatele znaleckých posudků. Odvolací soud také podřízenému soudu vyčetl, že Barešově výpovědi přikládal příliš velkou váhu a nehodnotil ji jako rovnocennou s ostatními důkazy. Městský soud podle vrchního soudu dostatečně nevyřešil otázku, zda obžalovaní účelově vytvořili podmínky pro získání dotace vyčleněním společnosti z Agrofertu. V usnesení ale odvolací senát městský soud nezavázal ke konkrétnímu rozhodnutí.

Babiš dlouhodobě tvrdí, že je kauza politicky motivovaná, s obžalobou nesouhlasí. Loni v listopadu připomněl, že jeho stíhání bylo už jednou zastaveno a dřívější nejvyšší státní zástupce Pavel Zeman ho následně obnovil. Věří, že městský soud své předchozí rozhodnutí potvrdí. Nagyová loni označila rozhodnutí odvolacího soudu za "velké zklamání", také je přesvědčena, že soud znovu vynese osvobozující rozhodnutí.

Policie se případem zabývala od roku 2015, Babiš s Nagyovou byli stíháni od roku 2017. Babiše musela ke stíhání několikrát vydat Sněmovna, nejprve v září 2017, následně v lednu 2018 v novém složení a naposledy v březnu 2022. Pražský městský soud případ začal poprvé projednávat v září 2022.