Základní registry měly začít fungovat od července 2012, dokončení projektů se ale podle NKÚ zpozdilo o 1,5 až 4,5 měsíce. "Toto zpoždění způsobilo ministerstvo vnitra mimo jiné tím, že zpracovávalo nové dodatky k zadávacím dokumentacím či poskytovalo uchazečům o tyto zakázky dodatečné informace," uvedl kontrolní úřad. Ke zpoždění podle něj přispělo také to, že kvůli chybám ministerstva zrušil Úřad pro ochranu hospodářské soutěže (ÚOHS) výběr nejvhodnějších nabídek pro projekty registru obyvatel a registr práv a povinností (RPP). 

NKÚ prověřoval vedle dvou základních registrů také informační systém základních registrů. "Tři kontrolované projekty v době ukončení kontroly fungovaly, ale RPP jen zčásti, protože nebyly dokončeny související projekty eSbírka a Procesní modelování agend," uvedl kontrolní úřad. V rámci kontroly mezi loňským březnem a zářím NKÚ prověřil výdaje za 1,55 miliardy korun z 1,6 miliardy zaplacených za registry ministerstvem vnitra a Správou základních registrů. 

NKÚ upozornil, že tendry na základní registry nebyly zadány bezchybně, ačkoli ministerstvo vnitra využívalo služeb tří advokátních kanceláří. Za platbu právníkům 1,2 milionu korun, která byla v rozporu se zákonem, ministerstvo jako za porušení rozpočtové kázně zaplatilo v roce 2012 včetně penále skoro dva miliony korun. 

V roce 2010 ministerstvo také využilo právní služby advokátní kanceláře bez uzavřené písemné smlouvy za 13,7 milionu korun. "Ministerstvo tyto služby dosud nezaplatilo, a pokud to udělá, dopustí se dalšího porušení rozpočtové kázně," uvedl NKÚ. 

Ministerstvo vnitra systém základních registrů, díky němuž se úřady samy snadno dostanou například k údajům o bydlišti člověka, spustilo 1. července 2012. Základní registry jsou celkem čtyři - registr obyvatel, registr osob, registr územní identifikace, adres a nemovitostí a registr práv a povinností. Celý projekt stál přes dvě a půl miliardy korun, větší část byla placena z evropských peněz.