Po roce 1989 působil i jako vedoucí kanceláře sekretariátu prezidenta Václava Havla. V roce 1969 natáčel pohřeb Jana Palacha. Jeho posledním celovečerním filmem byl Spalovač mrtvol, kde hrála i Chramostová. Také díky jeho kameře má film na svou dobu mnoho inovativních a netradičních záběrů a nezapomenutelnou atmosféru. Byl tím, kdo trval na černobílé verzi snímku oceněného i v zahraničí.

Za normalizace byl propuštěn z barrandovského studia a nemohl dále točit. Se svou ženou, které tehdy režim také znemožňoval společenské angažmá, organizoval bytové divadlo. Postihla ho částečná ztráta zraku, takže se ke své původní profesi nevrátil.

Stanislav Milota se narodil 9. března 1933. Na Barrandově se vyučil filmovým laborantem a absolvoval grafickou školu. Již v té době se dostal jako asistent kamery k práci na filmech Václava Kršky Posel úsvitu (1950) a Mikoláš Aleš (1951).

Jako samostatný kameraman debutoval v roce 1963 díky Janu Procházkovi, podle jehož scénáře natočil Ivo Novák psychologické drama Na laně. Několik krátkých filmů Milota natočil s režisérem Vladimírem Sísem, s režisérem Jánem Roháčem udělal v roce 1965 Recitál Jiří Suchý - Jiří Šlitr.

V roce 1968 Milota při příjezdu okupačních vojsk Varšavské smlouvy natočil v Praze množství dokumentárních záběrů, v lednu 1969 dokumentoval pohřeb Jana Palacha.

Kvůli potížím se zrakem se po roce 1989 k práci kameramana nevrátil, ale z materiálů, které natočil na konci 60. let, mělo premiéru ještě několik filmů. Hned v roce 1989 to byl středometrážní Zmatek, ve kterém Milota použil záběry pořízené v bouřlivých letech 1968 a 1969, kdy natáčel vše, co se tehdy dělo.

Materiál natočený při Palachově pohřbu se našel až v roce 2002. Vznikl z něj krátký film Jan 69. Dokumentární záznam má styl filmové eseje, je sestříhaný na hudbu Leoše Janáčka a Antonína Dvořáka, jinak bez jakýchkoliv titulků či komentáře. Měl premiéru v roce 2002 na Festivalu filmů o lidských právech v Moskvě, v Česku byl poprvé vysílán 19. ledna 2003 Českou televizí.

V letech 1994 až 1996 byl Milota členem Rady Státního fondu České republiky pro podporu a rozvoj české kinematografie a v letech 1997 až 2001 byl členem Rady pro rozhlasové a televizní vysílání, ze které také dobrovolně odešel. V roce 2001 získal Cenu Františka Kriegla.