Šestnáctého ledna 1969 byl čtvrtek. Dvacetiletý student si na benzínce v Opletalově ulici koupil dvě nádoby s benzínem a došel k budově Národního muzea na Václavském náměstí. Tam si odložil kabát, polil se benzínem a škrtl sirkou. Plameny během chvilky zachvátily jeho tělo, podle svědectví však byl překvapivě klidný. Zděšení kolemjdoucí a svědci protestního činu plameny uhasili, ale Palachova zranění byla příliš těžká.

O tři dny později Jan Palach v nemocnici v Legerově ulici zemřel, během nich však ještě dle vzpomínek pamětníků na nemocniční posteli komunikoval. Jeho tělo pak převáželi z nemocnice tajně, neboť před ní čekaly zástupy lidí. Posmrtnou masku sňal v Ústavu soudního lékařství na Albertově sochař Olbram Zoubek - tajně. Dnes tvoří součást Palachova pomníku na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy, kam Palach nastoupil pouhých pár měsíců před smrtí studovat svou vysněnou historii. Předtím strávil rok na Vysoké škole ekonomické.

Palach se upálil na protest proti okupaci Československa vojsky Varšavské smlouvy a zároveň chtěl probrat Čechoslováky z letargie. Už velice krátce po tragédii mu začali lidé na Václavském náměstí prokazovat úctu. Pohřbu a průvodu z Karolina na Olšanské hřbitovy, který se konal 25. ledna, se účastnily desetitisíce lidí, smuteční obřad vedl evangelický farář Jakub S. Trojan, který toho času působil v Palachových rodných Všetatech.

Prorežimní tisk a konzervativní komunisté o něm také začali šířit řadu mýtů - například že se chtěl zabít z nešťastné lásky. Politik Vilém Nový pak prohlásil, že se Palach chtěl nechat zapálit jen takzvaným "studeným ohněm" (tedy něčím, co vůbec neexistovalo), ale omylem se popálil.

Lži a šikana StB

Jak muži, které Nový z navádění k činu vinil a mezi nimiž byli například sportovec Emil Zátopek či spisovatel Pavel Kohout, tak Palachova matka Libuše následně podali na Nového žalobu na ochranu osobnosti. Advokátkou paní Palachové byla Dagmar Burešová, pozdější první polistopadová ministryně spravedlnosti, a o procesu pojednává snímek Hořící keř.

Hrob, který byl místem nepřetržité piety, však dráždil komunisty. Na Libuši Palachovou byl vyvíjen nátlak, aby nechala ostatky svého syna exhumovat a převézt z Olšan do Všetat. Dlouho mu čelila, nakonec svolila až po výhrůžkách, že Státní bezpečnost tělo exhumuje a pohřbí na neznámé místo do neoznačeného hrobu.

V roce 1973 tak byly Palachovy ostatky exhumovány, spáleny ve Strašnickém krematoriu a až po dlouhých měsících je mohla rodina uložit ve Všetatech. Hrob na Olšanech byl obnoven až v roce 1990.

Měsíc po Palachově pohřbu, 25. února, se zapálil osmnáctiletý student Jan Zajíc, během čtyř měsíců po Janově smrti pak sebevraždu na protest spáchala řada osob v Československu i v zahraničí, ačkoliv u některých není ohledně čistě politické motivace jejich činu úplně jasno. Na rozdíl od Palacha i Zajíce se pak podařilo na dlouhou dobu utajit sebeupálení jihlavského dělníka a reformního komunisty Evžena Plocka.

Devětatřicetiletý muž tak na protest proti okupaci učinil o Velkém pátku roku 1969. Skupina, o níž Palach píše ve svém dopise a jejíž členové měli páchat další protestní sebevraždy, však zřejmě dle dostupných údajů vůbec neexistovala.

Několik měsíců před Palachovým činem, 8. září 1968, se na protest proti okupaci Československa upálil Polák Ryszard Siwiec. Devětapadesátiletý účetní sice vše učinil na varšavském stadionu, kde oslavovaly dožínky desítky tisíc lidí, jeho čin se však režimu podařilo ututlat.

Loni, když byl o Janu Palachovi uveden stejnojmenný film mapující poslední měsíce jeho života, přijel na jeho premiéru do Česka i matematik litevského původu Elijahu Ripps. Ten se jako dvacetiletý student též na protest proti okupaci pokusil spáchat stejným způsobem sebevraždu u Památníku svobody v Rize. Byl však zachráněn a vyvázl jen s lehčími popáleninami. Poté, co byl počátkem 70. let propuštěn z psychiatrie, mu úřady na nátlak ze zahraničí povolili vystěhování. Usadil se v Izraeli.