Za okupace Sovětského svazu vyvraždili nacisté asi čtvrtinu tehdejší běloruské populace (kolem dvou a čtvrt milionu Bělorusů) a vypálili prakticky polovinu tamních obcí. Symbolem tohoto řádění se stala právě vesnice Chatyň.

Proti německým okupantům na rozsáhlém území působily partyzánské jednotky. Při jednom jejich útoku na nacistický konvoj asi šest kilometrů od Chatyně zahynuli 22. března 1943 čtyři příslušníci 118. oddílu pomocné policie Schutzmannschaft, do něhož byli rekrutováni dezertéři, váleční zajatci a kolaboranti různých národností – převážně Ukrajinci, ale také Bělorusové, Lotyši a Litevci. Další obětí byl německý kapitán Hans Woellke, mimochodem olympijský vítěz ve vrhu koulí z roku 1936.

Útok partyzánů se stal záminkou k vypálení Chatyně a dalších dvou vesnic. Ještě téhož dne odpoledne nahnaly jednotky SS a ukrajinští dobrovolníci obyvatele obce do zdejší stodoly, obložili ji slámou a zapálili. Komu se podařilo z hořícího stavení uniknout, toho nemilosrdně zastřelili. Vesnici následně vyplenili a srovnali se zemí. Celkem zahynulo 149 lidí, z toho polovina dětí.

Z celé obce přežilo jen osm lidí, z toho sedm dětí, které se buď ukryly ještě před přepadením vesnice, předstíraly smrt nebo přežily požár přikryté těly dalších obětí. Dvěma dívkám se podařilo z hořící stodoly utéct, zahynuly ale později při vypálení obce Chvorosteni, jejíž obyvatelé se jich ujali.

Jediným přeživším dospělým z Chatyně byl šestapadesátiletý kovář Juzif Kaminskij, který se probral ve spálené stodole po odchodu nacistů. Našel mezi oběťmi svého těžce popáleného syna, který mu pak zemřel v náručí. Tento výjev se stal později námětem sousoší Nepokořený člověk v chatyňském památníku.

Za chatyňský masakr byli v Sovětském svazu v 70. a 80. letech popraveni Vasyl Meleško a Hrihorij Vasjura. Obec už po skončení války nebyla obnovena.