Výstavba kanálu by si podle komise Akademie věd vyžádala rozsáhlé zemní práce. Těžce by narušily přirozený rozklad organických látek a následně způsobily ztrátu vody z dotčených půd a snížily jejich sorpční schopnosti.

Vědci poukazují také na extrémní investiční náročnost, podle odhadů by si stavba vyžádala stovky miliard korun. Provozní náklady by podle odborníků znásobila nízká vodnatost české krajiny a nutnost překonávat velké výškové rozdíly. Nemůže se prý proto očekávat, že by se kanál využíval pro pravidelnou nákladní kontejnerovou dopravu.

Navíc by kanál zhoršoval hospodářské výsledky v současnosti kapacitně značně nevytížené souběžné železniční dopravy, upozornila komise. Ekologickou újmu z výstavby odhadla pomocí metody hodnocení biotopů ČR na 16,5 miliardy korun, následný pokles biodiverzity a každoroční úbytek životodárných služeb ekosystémů minimálně na desítky miliard korun.