Národní sportovní agentura byla zřízena v srpnu 2019 a převzala činnosti, které do té doby vykonávalo MŠMT. Přínosem vzniku agentury mělo být posílení transparentnosti a zavedení funkčního systému vyhodnocování využití poskytnutých podpor. Podle kontrolorů ale očekávané přínosy "nebyly naplněny". Agentura podle NKÚ například nevyhodnocovala, zda výdaje, které vynakládá, vedly například k zastavení poklesu tělesné zdatnosti dětí a mládeže, k zastavení růstu nadváhy a obezity u dětí a mládeže či ke snížení ekonomické spoluúčasti rodin ve sportu, což patří mezi priority vynaložených podpor.

Proces administrace žádostí o podporu byl podle kontrolorů jak u MŠMT, tak i v NSA u jedné pětiny kontrolovaných dotačních výzev zdlouhavý. Ministerstvo za roky 2019 a 2020 vydávalo rozhodnutí o poskytnutí dotace v průměru po 90 až 300 dnech a NSA za roky 2021 a 2022 v průměru po 172 až 335 dnech, uvedli. Podle ministerstva souvisela delší administrace s více faktory, které NKÚ v hodnocení nezohlednil. "Jednalo se například o skutečnost, že výzvy MŠMT byly vyhlašovány v roce předcházejícím roku, na který byla dotace poskytována, administrace proto mohla probíhat (a také probíhala) několik měsíců, přičemž nemohlo dojít k vydávání rozhodnutí o poskytnutí dotace," sdělil tiskový odbor resortu. Dodal také, že ne vždy žadatelé podali úplnou a bezchybnou žádost a bylo nutné je vyzývat k nápravě, případně k doložení dalších podkladů pro potřeby vydání rozhodnutí.

"MŠMT připouští, že při výběru příjemců dotací mohlo v některých případech dojít k dílčímu pochybení u srovnání pořadí při shodném bodovém hodnocení, a to pravděpodobně chybou v administraci. Žádným způsobem však nedošlo k poškození některého ze žadatelů o dotaci. MŠMT následně nastavila lepší kontrolu správnosti řazení projektů při shodném počtu bodů," uvedlo ministerstvo.

Nejvyšší kontrolní úřad odhalil nedostatky i v hospodaření NSA. "Například neodůvodněně snížila výnos z majetku minimálně ve výši půl milionu korun, když umožnila původním nájemcům, aby část sjezdového a skokanského areálu v Harrachově bezúplatně užívali i po ukončení platnosti nájemních smluv," zjistili kontroloři. Podle nich se to týkalo šesti z celkem 46 pozemků. Ke zbylým 40 pozemkům neměla NSA v kontrolovaném období uzavřeny žádné nájemní smlouvy, přitom byly rovněž prokazatelně využívány jinými subjekty, uvedl NKÚ. Na pozemcích NSA byla například lanová dráha, která je celoročně v provozu, hotel či stánky s občerstvením.

Agentura podle kontrolorů nepostupovala podle zákona ani při zadávání veřejných zakázek na nákup služeb a pořízení majetku. "Po celou dobu kontrolovaného období uzavírala smlouvy a objednávky, proplácela faktury a vyplácela dotace, aniž by dodržela zákonné schvalovací postupy. Nezavedla funkční vnitřní kontrolní systém, aby zajistila hospodárný, efektivní a účelný výkon státní správy," uvedl NKÚ.

NSA poskytuje prostřednictvím svých programů na rozvoj sportu a turistiky sportovní dotace ze státního rozpočtu. Prvním šéfem NSA byl Milan Hnilička, který byl od roku 2017 do ledna 2021 poslancem za hnutí ANO. V květnu 2021 nahradil Hniličku Filip Neusser a na začátku prosince 2022 se funkce předsedy NSA ujal Ondřej Šebek.