Podle vicepremiéra a předsedy KDU-ČSL Pavla Bělobrádka by se školy mohly dostat do finančních těžkostí. 

"Problém je v tom, že u některých soukromých škol jsou to často neziskovky, které je provozují," řekl po středečním jednání vlády Bělobrádek. Jako příklad uvedl pardubickou základní a praktickou školu Svítání pro děti s mentálním a kombinovaným postižením, kterou provozuje obecně prospěšná společnost. Dlouholetou ředitelkou této školy je místopředsedkyně Senátu Miluše Horská. 

"Takovéto organizace se mohou dostat do těžkých potíží. Nahrazují síť, kterou neumí stát zajistit. Navíc jsou ještě levnější," uvedl vicepremiér. Podle Bělobrádka je potřeba udělat důkladnou analýzu financování těchto škol. 

Podle návrhu ministerstva školství by církevní školy měly za dva roky, tedy od začátku školního roku 2016/2017, přijít o státní dotaci na provoz. V rámci církevních restitucí totiž církve podle ministerstva získaly peníze na to, aby jako zřizovatel mohly tyto náklady hradit samy. Se změnou financování počítá připravovaná novela zákona o poskytování dotací soukromým školám, která k nim nově zahrne i školy církevní. Církve s omezením nesouhlasí. 

Výdaje na soukromé školy budou omezeny o rok dříve než u škol církevních, tedy od 1. září 2015.