Dohnal byl již pravomocně odsouzen k podmíněnému trestu za to, že odmítl vydat kontrolnímu orgánu sněmovny podklady umožňující audit hospodaření NKÚ. Musel proto odejít z čela NKÚ. 

V době, kdy byl šéfem úřadu, měl Dohnal od státu podle zákona nárok na přiměřené bydlení. Podle státního zástupce si vybral po svém jmenování v roce 2005 pětipokojový byt v Americké ulici v Praze 2, v roce 2007 ho pak vyměnil za dva byty v Chrudimské ulici v Praze 3. NKÚ za tyto nemovitosti platil skoro 76.000 korun měsíčně. Podle žalobce nájemné převyšovalo přiměřenou částku, a prezident NKÚ tak nehospodárně využíval státní peníze. Dohnalovi hrozí v kauze kvůli údajné škodě ve výši minimálně 1,1 milionu korun až pětileté vězení. 

Dohnal od počátku obvinění odmítá. Podle něj má kauza politické pozadí. Jeho advokát Václav Vlk uvedl, že v rámci částek, které na bydlení využívají ostatní funkcionáři, se bývalý prezident pohyboval vždy na spodní hranici.