V poslední době se Herman dostal do popředí mediálního zájmu poté, co ho letos v dubnu odvolala z funkce ředitele Ústavu pro studium totalitních režimů (ÚSTR) rada ÚSTR, zvolená levicovým Senátem, a nahradila ho Pavlou Foglovou. Kritici Hermanova odvolání nařkli sociální demokracii i radu z úsilí o jeho destabilizaci a pokus ovládnout před budoucí vládou s KSČM (vládní spolupráce ČSSD s KSČM byla před říjnovými volbami považována za jeden z možných výsledků blížících se voleb do Sněmovny) archiv komunistických bezpečnostních složek. Sociální demokracie toto tvrzení ostře odmítla, naopak obvinila z politizace věci ODS.