Žáček odmítá, že by se kolem jeho odchodu z vedení ústavu převedly na soukromé nosiče miliony stran archivních materiálů v elektronické podobě. Publicista Petr Uhl minulý týden oznámil, že na Žáčka kvůli tomu podal trestní oznámení. Žáček tyto informace odmítl. 

"Myslím, že po těch všech útocích, kterých jsem se za posledních 3,5 roku od pana Uhla dočkal, je to vrchol. A já samozřejmě se svým právním zástupcem panem (Stanislavem) Devátým zvažuji právní kroky, protože to je nehorázné nařčení, které má kriminalizovat digitalizaci, to, co bylo vývěsním štítem, co bylo hodnoceno vysoce na mezinárodní úrovni," řekl Žáček. Podle něj jsou archiválie dostupné normálně v digitalizované podobě. 

Vedle Žáčka podal Uhl trestní oznámení ještě na další lidi, které nejmenoval. Uhl vycházel ze zveřejněného textu historika a člena vědecké rady ÚSTR Viléma Prečana. 

Podle Uhla by možným motivem kopírování materiálů mohl být úmysl zneužít písemnosti komunistické Státní bezpečnosti (StB). Podezření podle Uhla vyplývá z článku zakladatele někdejšího exilového Dokumentačního střediska nezávislé československé literatury a Ústavu pro soudobé dějiny Akademie věd Prečana.

Historik v něm uvedl, že bylo digitalizováno již deset milionů stran písemností. "Kolik z nich skončilo na soukromých elektronických nosičích,... to ví jen Pavel Žáček a Pánbůh," napsal Prečan. 

Činnost ústavu byla v poslední době v centru pozornosti médií. Bylo to především kvůli volbě nového ředitele ústavu Jiřího Pernese. Největší rozruch vyvolala informace v médiích, že Pernes zatajil před Radou ÚSTR informaci o tom, že za bývalého režimu navštěvoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu (VUML), což bylo školení pro nekomunistické vedoucí zaměstnance kulturních či jiných nevýrobních zařízení. Pernes řekl, že tuto informaci nepovažoval za podstatnou. 

Do funkce nastoupil Pernes 1. dubna. Na protest proti způsobu výběrového řízení odstoupili někteří členové vědecké rady. Prečan a další jeho podřízení Pernese naopak podpořili.