Předloha mimo jiné počítá s novým systémem hodnocení kvality škol. Upravuje také odebírání neoprávněně získaných titulů, poplatky za uznávání vzdělání nebo působení zahraničních škol a jejich poboček v Česku. Sociální stipendium, které mělo vládním návrhem vzrůst z 1620 na 2100 korun, má podle sněmovních úprav představovat čtvrtinu minimální mzdy.

Dostatečnou podporu naopak nezískal žádný ze tří návrhů na změnu způsobu jmenování profesorů kvůli tomu, že prezident Miloš Zeman odmítl některým nominacím vyhovět. "Nepokládám za vhodné, abychom tady vytvářeli zákony pro konkrétní situace a konkrétní osoby," zdůvodnila svůj nesouhlas s návrhy ministryně školství Kateřina Valachová (ČSSD).

V aktuálním případě tří adeptů - Jiřího Fajta a Ivana Ošťádala z Univerzity Karlovy a Jana Eichlera navrženého Vysokou školou ekonomickou - chce vyčkat na soudní dohru. "Pro prezidenta republiky bude platit výsledek soudního řízení jako pro kohokoli jiného," dodala.

Profesory měl podle návrhů nově jmenovat buď rektor, anebo ministr školství. Třetí varianta ponechávala pravomoc hlavě státu s tím, že pokud by nominaci nevyhověl do 60 dnů, stal by se adept profesorem ze zákona. Tato verze se líbila rektorům.

Sněmovna nevyhověla ani návrhu předsedy sněmovního školského výboru Jiřího Zlatušky (ANO) na omezení praxe takzvaných létajících profesorů, podle něhož by akademičtí pracovníci mohli v zásadě působit jen na jedné vysoké škole. I když Zlatuškův výbor tuto změnu doporučil, ministryně ji odmítla.

Na doporučení výboru se naopak do novely dostala možnost, aby se mimořádným profesorem stal odborník ze zahraničí, jenž by mohl působit i jako garant studijního programu, nebo významný odborník s dvacetiletou praxí. Pozměnila se také úprava rady pro vnitřní hodnocení vysoké školy.

"Bude to znamenat to, že uvnitř školy bude probíhat debata, jakým způsobem provést a rozvést obory jako je třeba právo, ekonomie," uvedla Valachová. Podle ní novela posílí kvalitu vysokých škol a jejich autonomii.

Podle Anny Putnové (TOP 09) naopak novelu představuje jen "torzo" změn, které by potřebovaly vysoké školy. "Řekla bych, že v tuto chvíli se ve vysokém školství zhasne a výsledky uvidíme až po třech letech," uvedla.

Vysoké školy by měly být samostatnější i díky změně akreditací. Stávající akreditační komisi má nahradit nový Národní akreditační úřad, který by nevydával doporučení ministerstvu školství, ale rovnou povolení, a to nikoli pro studijní obory, ale pro určitou oblast. Jednotlivé obory by si pak vysoké školy vypisovaly samy.

Sněmovna jen částečně vyhověla návrhu Anny Putnové (TOP 09) na posílení nezávislosti tohoto úřadu. Členové jeho rady ze zákona nebudou ke svému rozhodování přijímat pokyny či instrukce.

Předseda a místopředsedové této patnáctičlenné rady pak nebudou moci mít placené či neplacené funkce na žádné z vysokých škol vyjma výuky mimo pracovní poměr. Návrh, aby členové rady například měli plat stanovený zákonem, ale dolní komora zamítla.

Poslanci schválili návrh Bohuslava Svobody (ODS), který v porovnání s vládním návrhem posiluje práva fakult. Vysoké školy získají novelou také výslovné právo uznávat zkoušky z vyšších odborných škol. Návrh Jana Zahradníka (ODS), aby mezinárodně uznávané tituly mohly udělovat nejen veřejné, ale i soukromé vysoké školy, ale dostatek hlasů nezískal.