Na záčátku mše vystoupil vyslanec papeže Giovanni Coppa a přečetl poselství Benedikta XVI. Přidal také osobní vzkaz hlavy katolické církve, která adresovala rodině i celému Česku své povzbuzení.

Po zahájení bohoslužby následoval úkon kajícnosti s vyznáním. Po vstupní modlitbě přečetl Josef Abrhám úryvky z bible z knihy Job. Herec, který si zahrál roli kancléře v Havlově filmu Odcházení, hovořil pohnutým hlasem. "Kéž by byla napsána má slova, kéž by byla vyryta do mědi, železným rydlem do olova, navěky vtesána do kamene," recitoval Abrhám.

Bohoslužba poté pokračovala žalmem a čtením z Janova evangelia. Mši provázela filharmonie pod vedením dirigenta Jiřího Bělohlávka Dvořákovým rekviem. Zazněl i Händelův Mesiáš.

Nejblíž k rakvi bylo místo pro rodinu a prezidenta. Po pravici vdovy Dagmar Havlové seděl prezident Václav Klaus s manželkou Livií, po levici pak dcera Nina s partnerem a Havlův bratr Ivan s manželkou Dagmar. V katedrále byla vláda i zahraniční státníci.

V zadní části chrámu měli sedět další hosté a Havlovi spolupracovníci, přátelé a lidé s disentu. Mnoho židlí zůstalo ale nakonec prázdných.