Gajtukajev podle soudu vraždu opoziční žurnalistky zosnoval. Porotci se přiklonili k verzi obžaloby, podle níž novinářku, proslavenou reportážemi z Čečenska a kritikou Kremlu, zabil Čečenec Machmudov šesti ranami z pistole. Pomáhali mu přitom jeho bratři Ibragim a Džabrail. Za organizátora vraždy byl kromě Gajtukajeva označen bývalý policista Sergej Chadžikurbanov. 

Soudce Pavel Melechin poslal Chadžikurbanova do vězení na dvacet let, Džabraila Machmudova na čtrnáct a Ibragima Machmudova na dvanáct let. Žalobce Boris Loktionov pro tuto trojici žádal tresty ve výši dvaadvacet, devatenáct a patnáct let. Všichni vinu do poslední chvíle popírali. 

Soud rovněž rozhodl o pokutě ve výši pěti milionů rublů, kterou mají pachatelé vyplatit jako kompenzaci morální újmy dětem zavražděné novinářky. Za motiv soudce Melechin označil "nespokojenost s žurnalistickou činností zavražděné". 

Soudce při čtení rozsudku odsoudil mimořádnou brutalitu a cynismus, s níž byla vražda populární novinářky spáchána. Vrazi podle něj jednali jako organizovaná skupina a motivem jejich jednání byl zisk. 

V případu byl už dříve odsouzen bývalý policejní důstojník Dmitrij Pavljučenkov, který - prý za úplatek - zařídil sledování nepohodlné reportérky před jejím odstraněním.

Stále však není známo, kdo vraždu známé novinářky objednal. Odsouzený Pavljučenkov během výslechů podle agentury RIA Novosti vypovídal, že objednateli zločinu byli bývalý vůdce čečenských povstalců Achmed Zakajev a známý ruský podnikatel Boris Berezovskij, který loni zemřel v Británii. Kolegové a příbuzní Politkovské ale takovou verzi vylučují.

Anna Politkovská patřila k nejznámějším ruským novinářům a obráncům lidských práv. Ve svých článcích tvrdě pranýřovala porušování práv civilního obyvatelstva v Čečensku ruskými jednotkami a byla nesmlouvavým kritikem Kremlu v čele s Putinem. Kriticky se vyjadřovala i o policejní a justiční "mafii" v Rusku. Za svou činnost získala řadu prestižních cen, zároveň ale čelila hrozbám vůči vlastní osobě.

V roce 2004 vážně onemocněla, když se patrně otrávila čajem, kterého se napila během letu z Moskvy do Beslanu. Do místa dramatu dětských rukojmí už tehdy nedorazila. V říjnu 2002 byla jednou z osobností, kterou si čečenští povstalci vybrali k vyjednávání při únosu v moskevském divadle v ulici Dubrovka.