Španělský dobyvatel Francisco Pizarro vyplul v roce 1502 s flotilou třiceti lodí a téměř třemi tisícovkami kolonistů do Nového světa. Z Hispanioly (dnešní Haiti) se od roku 1509 připojil k několika španělským výpravám, které se vydaly z karibských ostrovů na pevninu hledat bohatství a bájnou říši zlata (Eldorado). Španělský král Karel V. Habsburský jej jmenoval generálním kapitánem a pověřil dobytím Peru.

Na výpravu do vnitrozemí vyrazil Pizarro se dvěma stovkami mužů a sedmatřiceti koňmi v lednu 1531. Stejně jako conquistador Hernán Cortés, který o deset let dříve zničil aztéckou říši, měl jeho krajan (a přes matku vzdálený příbuzný) Pizarro obrovské štěstí. Zatímco Cortésovi se podařilo získat podporu mnoha etnik, která se chtěla zbavit nadvlády nenáviděných Aztéků, Pizarrovi v době postupu do vnitrozemí pomohla občanská válka mezi Inky.

Proti náčelníkovi Huáscarovi, který vládl v hlavním městě Cuzco, se postavil jeho nevlastní bratr Atahualpa, který ovládal sever rozsáhlé říše na území dnešního Ekvádoru. Armády obou protivníků čítaly stovky tisíc bojovníků. Atahualpa nakonec Cuzco dobyl a vyvraždil tu až třetinu obyvatelstva.

Nyní se Atahualpa zaměřil na postupující Španěly. Patnáctého listopadu 1532 se střetli u Cajamarcy. Pizarrův malý oddíl zde nemilosrdně rozdrtil zděšenou armádu Inků čítající několik desítek tisíc mužů, kteří se nikdy předtím nesetkali se železnými zbraněmi, kanony a koňmi. V bojích zahynulo na sedm tisíc indiánů.

Atahualpa byl 16. listopadu zajat. Navzdory obrovskému výkupnému ve zlatě a stříbře (tak zvanou výkupní místnost - cuarto del rescate - dlouhou 6,7 metru, širokou 5,17 metru a vysokou 2,45 metru slíbil do dvou měsíců naplnit jednou zlatem a dvakrát stříbrem) zůstal v zajetí Španělů a koncem srpna 1533 byl popraven za vzpouru.

Přesně rok po svém vítězství - 15. listopadu 1533 - pak Španělé bez boje dobyli hlavní město Cuzco. Bylo vypleněno a poté přestavěno ve španělském stylu. Dva roky poté Pizarro založil Město králů, pozdější Limu. Následovalo několik desetiletí bojů s domorodci, které trvaly až do roku 1572. Toho se už ale Pizarro nedožil - v červnu 1541 byl v Limě zavražděn konkurenčními conquistadory kvůli sporu o dělení kořisti.