Gruša v rozhovoru pro server iDnes.cz řekl, že jedním z důvodů jeho odchodu je jmenování nového šéfa ústavu Jiřího Pernese. Za dosazením Pernese do funkce prý stojí politické tlaky. 

"Pan Pernes představuje byrokratickou strukturu, která je politicky ovlivnitelná. To není výtka vůči němu, ale obava," uvedl Gruša v rozhovoru. 

Posledním impulsem k odchodu prý bylo, když od Pernese dostal k vyplnění osobní dotazník. V roce 1987 byl totiž Gruša vězněn za román Dotazník, v němž hrají důležitou roli nesmyslné dotazníky z doby normalizace. "Já, který jsem napsal román Dotazník. To přece nemůže myslet vážně! Tak to už jsem musel říci, děti, trhněte si nohou, to už mám za sebou," řekl.

Historik Pernes ve výběrovém řízení porazil Pavla Žáčka, jenž ústav vedl dva roky. Pernesovo jmenování provázely pochyby potom, co se ukázalo, že za socialismu studoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu (VUML). V životopisu to neuvedl.

Někteří zaměstnanci ústavu a osobnosti také ukazovali na nedostatky ve výběrovém řízení na ředitele. Rada ústavu ovšem své rozhodnutí o Pernesovi dvakrát potvrdila. Pernes do funkce ředitele nastoupí 1. dubna.