Zároveň však přetrvává celá řada nejasností. Není například vyjasněna role prezidenta a ministryně zahraničí EU a dohady provázejí i změnu počtu europoslanců.

Nejdůležitější změnou je, že Evropská unie získá takzvanou právní subjektivitu. S novým reformním dokumentem, o němž se jednalo zhruba šest let, se výrazně mění i rozhodování unie v řadě záležitostí. Sníží se počet oblastí, v nichž byl potřeba souhlas všech členských států. Evropský parlament naopak získá větší pravomoci.

Posílí se i role národních parlamentů. Navíc bude teoreticky možné přenést pravomoci z Bruselu zpět na členské státy. Ve smlouvě je vůbec poprvé i možnost vystoupení státu z Evropské unie.

"Lisabon" zřizuje dvě zcela nové vrcholné funkce prezidenta a ministra zahraničí EU. První z nich bude od 1. ledna zastávat belgický premiér Herman Van Rompuy, řízení unijní diplomacie ode dneška převezme dosavadní britská eurokomisařka Catherine Ashtonová. Konkrétní pravomoci obou nových postů však zatím nejsou příliš jasné a počítá se s tím, že časem "vykrystalizují".

Nejasnosti provázejí i změnu počtu europoslanců. Nyní jich je 736, ale se vstupem lisabonské smlouvy v platnost má jejich počet vzrůst o 18 zákonodárců z 12 členských států. Není ovšem stále zřejmé, jaký klíč pro jejich zvolení některé vlády použijí, ani kdy se svých funkcí ujmou.

Lisabonská smlouva má přinést také větší posílení práv jednotlivých občanů. Počítá s tím Listina základních práv EU, která je součástí smlouvy. Poláci, Britové a Češi si však z této charty vyjednali výjimku. Ta česká by ale měla začít platit až s případným vstupem Chorvatska do unie.