Jakubisko patřil k nejznámějším slovenským tvůrcům a přezdívalo se mu „Fellini Východu“. Za své kariéry natočil několik desítek hraných i dokumentárních filmů. K jeho nejznámějším dílům patří Tisícročná včela, Perinbaba, Nejasná zpráva o konci světa či velkofilm Bathory.

Podle prohlášení dcery pro stanici RTVS Jakubisko zemřel v pátek pozdě večer v Praze, kde dlouhodobě žil.

Se svým prvním celovečerním filmem Kristove roky debutovala absolvent pražské FAMU v roce 1967. Filmy Zbehovia a pútnici, Vtáčkovia, siroty a blázni a Do videnia v pekle, priatelia, plné poezie, metafor a symbolů, jimiž se vracel do rodné východoslovenské krajiny a k tamějším lidem, normalizátoři v komunistickém Československu zakázali.

Jakubisko, který chtěl být původně výtvarníkem a kameramanem, pak mohl točit jen dokumenty. Na plátna kin se vrátil až v roce 1979 filmem Postav dom, zasaď strom, o rok později natočil slavný třídílný televizní film Nevěra po slovensky.

V 90. letech natočil snímky Lepší je být bohatý a zdravý než chudý a nemocný a Nejasná zpráva o konci světa, který byl promítán na více než 60 festivalech světa a získal čtyři České lvy, poté kritikou nepříliš dobře přijeté Post coitum (s Frankem Nerem).

Zpracování legendy o čachtické paní Bathory, které se s rozpočtem asi 350 milionů korun zařadilo k nejnákladnějším filmům v Česku i ve střední Evropě, vyneslo Jakubiskovi Českého lva za nejlepší výtvarný počin, snímek se stal divácky nejúspěšnějším filmem roku 2008.

Jakubisko si za pět desítek let trvající kariéru vysloužil řadu ocenění – titul nejlepší slovenský režisér 20. století či Českého lva za dlouholetý umělecký přínos kinematografii.