Mynář podal na NBÚ správní žalobu, kterou se bránil proti tomu, že mu úřad nepřiznal prověrku na stupeň přísně tajné, počátkem roku 2016. V žalobě napadal proceduru vyřízení jeho věci a důvody, pro které úřad prověrku neudělil. Prezident Miloš Zeman v minulosti několikrát zopakoval, že kancléř na Hradě skončí, pokud prověrku od NBÚ nezíská.

Zpětvzetí žaloby Mynář odůvodnil tím, že soudce pražského městského Štěpán Výborný byl asistentem ústavního soudce  Vojtěcha Šimíčka, a soudce téhož soudu Jan Kratochvíl byl asistentem tehdejšího poslance KDU-ČSL Ludvíka Hovorky, který proti němu vystupoval v souvislosti s bezpečnostní prověrkou.

"I v případě, že by došlo k pozitivnímu výroku pro Mynáře a rozhodnutí NBÚ bylo zrušeno, v aktuální atmosféře, která byla vyvolána, by nepochybně docházelo k dalším a dalším spekulacím, zdali toto rozhodnutí ve prospěch Vratislava Mynáře bylo učiněno na základě nestranné a nezávislé úvahy soudu," stojí ve zdůvodnění zpětvzetí žaloby. Výborného a Kratochvíla prezident jmenoval soudci v červnu 2017. Kratochvíl byl asistentem Hovorky v letech 2003 až 2008.

Třetím důvodem, který vedl Mynáře ke stažení žaloby, bylo to, že v případě negativního rozhodnutí je jediným opravným prostředkem kasační stížnost, o které může rozhodovat jen Nejvyšší správní soud. Vzhledem k nedávným vyjádřením jeho bývalého předsedy Baxy se ale Mynář obává toho, aby rozhodování NSS nebylo zatíženo Baxovým stanoviskem, proto "by fakticky nemohl využít tohoto jediného opravného prostředku".

"Celý příběh bezpečnostní prověrky tímto považujeme za uzavřený. (...) Vratislav Mynář s důvěrou prezidenta republiky zůstává a zůstane ve funkci," uvedl Ovčáček.

Podle něj NBÚ navíc potvrdil, že to, jak je v prezidentské kanceláři nastaven způsob a úroveň bezpečnostních prověrek, je podle zákona a dodržuje veškerá pravidla pro nakládání s utajovanými informacemi. Kancléř tedy pro výkon své funkce nepotřebuje vyšší stupeň bezpečnostní prověrky.

Baxa nedávno v médiích prohlásil, že mu Hrad dával opakovaně najevo, jak má jeho soud rozhodnout v některých kauzách. Zeman mu prý při soukromých hovorech také naznačoval, že by se mohl stát předsedou Ústavního soudu. Prezident se proti tomu ale ohradil a uvedl, že Baxa se mu mstí za to, že jmenoval novým předsedou NSS Michala Mazance.

Mynář se pak v Zemanově zastoupení setkal s ústavním soudcem Šimíčkem, se kterým podle jeho vyjádření na jednání sněmovního podvýboru pro justici "konzultoval" výhrady ke služebnímu zákonu, o jehož zrušení Ústavní soud rozhodoval. O tomtéž prý ale mluvil s více ústavními soudci.

Necítím se podjatý, vzkázal soudce 

"Subjektivně se vůči panu Mynářovi necítím být podjatý. Nikdy jsem se s ním nesetkal, nemám s ním žádné kontakty," uvedl v reakci na oznámení soudce Jan Kratochvíl.

"Nejsou mi známy ani žádné objektivní okolnosti, které by mohly mou nestrannost zpochybňovat v očích veřejnosti. Asistentem pana Ludvíka Hovorky jsem byl do roku 2008 a od té doby jsem s ním v minimálním kontaktu, viděl jsem ho asi třikrát. A vůbec nevím, že se nějak vyjadřoval k panu Mynářovi," dodal.

Předseda pražského městského soudu Libor Vávra dnes také zdůraznil, že má v nestrannost svých soudců naprostou důvěru. 

Fakt, že hradní kancléř nemá důvěru v nezávislost soudců jeho soudu, nechtěl Vávra hodnotit. "Přijde mi, že je to součást politické hry kolem debaty, která se vede už 14 dní, a jenom se to přetáhlo do tohoto příběhu, který s tím doteď neměl nic společného. Nejsem si jistý, že jako soudce bych měl komentovat politické prohlášení," řekl.

Ve zmíněné debatě o tom, zda a nakolik Hrad tlačí na soudce v živých kauzách, padlo i Vávrovo jméno, a to v souvislosti s vydáním údajného ruského hackera Jevgenije Nikulina do USA. Vávra to nyní označil za absurdní. "Pan Mynář mi volal až ve chvíli, kdy, pokud už pan Nikulin nebyl v Americe, tak byl někde nad oceánem - tedy v době, kdy už bylo dávno rozhodnuto. Jen se mě ptal, zda je pravda, že odcestoval," uvedl.

Vávra doplnil, že žádný tlak z Hradu nezaznamenal ani v jiných věcech a že si mu ani nikdo z jeho soudců na něco podobného nestěžoval.