V hromadné hrobce pod kostelem svatého Jakuba jsou uloženy ostatky lidí z původního hřbitova. Ležel v jeho sousedství a zrušen byl, jako mnohé jiné, za josefínských reforem. 
Nacházejí se tam i hromadné hroby lidí zemřelých v dobách moru či cholerových ran. I takovéto pozůstatky, které jsou zdravotně nezávadné, jsou vystaveny. Příchozí je poznají podle toho, že lebky obětí cholery jsou nažloutlé a moru načernalé.

Kostnice pod svatým Jakubem je po Mincmistrovském sklepě a Labyrintu pod Zelným trhem třetím podzemním prostorem, který brněnská radnice zpřístupnila v poslední době veřejnosti.

Unikátní skladba Miloše Štědroně

Do podzemí lze, vzhledem ke stísněným prostorám, vstupovat jen v malých skupinách. Prohlídku umocňuje kromě vystavených výtvarných děl i přehrávaná skladba Sub Terra, kterou skladatel Miloš Štědroň složil speciálně pro tuto expozici.

Největší zpřístupněná kostnice Evropy se nachází v Paříži. Nejznámější kostnice v Česku je v Sedlci u Kutné Hory, kde by měly být umístěny ostatky přibližně 30.000 lidí.