Zádušní mše za zesnulého prezidenta začala v poledne minutou ticha, při níž po celé republice zněly zvony a sirény. Mši sloužil pražský arcibiskup Dominik Duka. Na jejím závěru promluvil prezident Václav Klaus, ministr zahraničí Karel Schwarzenberg a bývalá šéfka americké diplomacie Madeleine Albrightová.

Na začátku mše vystoupil vyslanec papeže Giovanni Coppa a přečetl poselství Benedikta XVI. Přidal také osobní vzkaz hlavy katolické církve, která adresovala rodině i celému Česku své povzbuzení. 
Po zahájení bohoslužby následoval úkon kajícnosti s vyznáním. Po vstupní modlitbě přečetl Josef Abrhám úryvky z bible z knihy Job. Herec, který si zahrál roli kancléře v Havlově filmu Odcházení, hovořil pohnutým hlasem. "Kéž by byla napsána má slova, kéž by byla vyryta do mědi, železným rydlem do olova, navěky vtesána do kamene," recitoval Abrhám.

Nejblíže k rakvi bylo místo pro rodinu a prezidenta. Po pravici vdovy Dagmar Havlové seděl prezident Václav Klaus s manželkou Livií, po levici pak dcera Nina s partnerem a Havlův bratr Ivan s manželkou Dagmar. V katedrále byla vláda i zahraniční státníci.

V zadní části chrámu měli sedět další hosté a Havlovi spolupracovníci, přátelé a lidé s disentu. Mnoho židlí zůstalo ale nakonec prázdných. Lidé sledovali průběh mše také na velkoplošných obrazovkách.