Státní zástupce mu klade za vinu, že od nástupu do funkce využíval nepřiměřeně luxusní byty, a tím poškodil stát o minimálně 1,1 milionu korun. Dohnalovi, který obvinění z porušení povinnosti při správě cizího majetku odmítá, hrozí v případu prokázání viny šest měsíců až pět let vězení nebo peněžitý trest. Prezident NKÚ považuje kauzu za politickou. 

Šéf úřadu má podle zákona od státu nárok na přiměřené bydlení. Dohnal si podle žalobce vybral po svém jmenování v roce 2005 pětipokojový byt v Americké ulici v Praze 2, v roce 2007 ho pak vyměnil za dva byty v Chrudimské ulici v Praze 3. NKÚ za tyto nemovitosti platil skoro 76 tisíc korun měsíčně, podle státního zástupce nájemné převyšovalo přiměřenou částku, a tak prezident NKÚ nehospodárně využíval státní peníze. 

Dohnal: Já jsem nerozhodoval, kolik dostanu na bydlení

Dohnal uvedl, že nerozhodoval, kolik finančních prostředků se na jeho bydlení vynaloží. Částku prý projednalo a schválilo kolegium NKÚ ještě před jeho příchodem do funkce. Rozpočet následně schvalovala Poslanecká sněmovna.´

Samotný výběr bytů pak podle něj měla na starosti hospodářská správa úřadu. Dohnalovým kritériem prý bylo pouze to, aby se do něj vešla pětičlenná rodina. Prezident úřadu zopakoval, že za jeho obviněním stojí snaha vytvořit na něj psychický nátlak, aby odstoupil z funkce. Od srpna 2009 již státní byty nevyužívá, nájemné si platí sám. ´

Dohnalovi hrozí i trest za zpronevěru

Svědci z hospodářské správy potvrdili, že byty pro prezidenta vybírali oni na základě vyčleněných prostředků. Při výběru zvažovali lokalitu, dopravní dostupnost, bezpečnost a zda má nemovitost místo k parkování. Cena za nemovitosti podle nich nikdy nepřesáhla peníze určené rozpočtem. Na nákup domu, který by úřadu později zůstal, neměl v té době podle nich NKÚ peníze. Ubytovat prezidenta do státního bytu nezvažovali. 

Dohnal čelí i trestnímu oznámení kvůli zpronevěře. Podle severu iDnes.cz policie vyšetřuje trestní oznámení předsedy kontrolního výboru sněmovny Vojtěcha Filipa (KSČM), podle něhož Dohnal hradil ze státních peněz služební cesty i pro svou manželku.