Také redaktoři serveru porovnali Pernesův text s originálem z roku 1958. "Jde o téměř doslovnou kopii," píše Týden.cz. Šéf ÚSTR obvinění z plagiátorství odmítl. 

Pernes prý ve své knize "Svět Lidových novin 1893-1993" vydané v roce 1993 opsal pasáže z diplomové práce studentky brněnské univerzity Blanky Maškové z roku 1958, která mapovala éru šéfredaktora Lidových novin Arnošta Heinricha.

Na údajné opisování vloni přišla studentka hudební vědy na Filozofické fakultě Masarykovy univerzity Libuše Janáčková, když pracovala na své diplomové práci o Leoši Janáčkovi a Lidových novinách. Procházela si publikace týkající se tématu její magisterské práce, mimo jiné i Pernesovu knihu a také Maškové diplomovou práci. "Kniha Jiřího Pernese je téměř kompletním plagiátem práce paní Maškové," řekla on-line deníku Týden.cz Janáčková. 

Také redakce Týdne.cz analyzovala některé pasáže se stejným výsledkem. "Jiří Pernes doslova opsal celé odstavce i kapitoly, aniž v citacích přiznal autorství Blance Maškové. Tu cituje jen ojediněle, u většiny textu však předstírá, že jde o jeho vlastní myšlenky," uvedl server. 

Pernes, který tak čelí dalšímu obvinění z plagiátorství, však nařčení odmítá a říká, že v úvodu své knihy Maškovou zmiňuje. "Srdečně tam děkuji paní Maškové a dalším autorům a píšu, že bez nich by má práce nevznikla," cituje ho server. Navíc podle Pernese nejde o vědeckou práci, ale o popularizační text. 

Jedna z členek rady ÚSTR Petruška Šustrová se podle Týdne.cz případem plagiátorství, na nějž Janáčková upozornila, zabývat nehodlá. "Neviděla jsem to a sama se o to zajímat nebudu. Jsou i horší přečiny než plagiátorství. A myslím, že Jiří Pernes má pracovat jako ředitel, ne jako odborný pracovník," řekla serveru. Opačný názor má další člen rady Čestmír Čejka. "Měli bychom se tím v radě zabývat. Není pro mne únosné, abych stál za někým, na kom ulpělo tak vážné podezření z plagiátorství," uvedl. 

Pernes je terčem kritiky od svého zvolení do čela ústavu, čelí jí mimo jiné kvůli tomu, že při výběrovém řízení neuvedl, že navštěvoval Večerní univerzitu marxismu-leninismu (VUML).

I obvinění z plagiátorství už na jeho adresu zaznělo. Podle některých kritiků by mohla být plagiátem jeho kniha Až na dno zrady: Emanuel Moravec. Pernes v ní prý částečně opsal diplomovou práci Josefa Vytlačila. Pernes toto obvinění odmítl. Mezi archiváři a historiky má i řadu zastánců, kteří již dříve vyzvali k zastavení "antipernesovské kampaně", která je podle mnoha názorů politická a spojená například s ODS.