Pro Pernesovo odvolání na plánovaném jednání rady, které stále pokračuje, hlasovalo všech šest přítomných členů rady, jeden se jednání neúčastnil. Hazdra, který ústav od čtvrtka prozatímně povede, je šéfem oddělení zkoumání doby nesvobody. Narodil se v roce 1983. 

Pernes řekl, že svému odvolání nerozumí, ale vzal ho na vědomí.

"Navrhl jsem odvolání z důvodu někdejšího pochybení v rámci publikace o Lidových novinách," napsal v textové zprávě radní Michal Stehlík. Podle serveru Týden.cz, který na případ upozornil, Pernes v tomto materiálu opsal části cizí diplomové práce. 

Ředitel jako garant odbornosti ústavu s tímto pochybením dle Stehlíkova názoru nemůže "fungovat". Další člen rady Petr Fiala poznamenal, že Stehlík jako důvod uvedl "existující pochybnosti o některých ředitelových odborných pracích". 

Jiří Pernes tak vydržel v křesle ředitele ÚSTR jen necelý měsíc a půl, jmenován byl 1. dubna. Nahradil ve funkci Pavla Žáčka, který stál za zřízením celého ústavu. 

Pernesova volba do čela ústavu zabývajícího se moderními československými dějinami, vyvolala rozruch poté, co do svého životopisu pro výběrové řízení neuvedl, že za komunismu navštěvoval Večerní univerzitu marxismu leninismu (VUML). 

Médiím řekl, že to nepovažoval za podstatné. Rada ale své rozhodnutí vybrat Pernese i přes nesouhlas některých svých členů potvrdila. Odpůrci i stoupenci nového ředitele už zorganizovali několik petic.