Komunisté jsou přesvědčeni o tom, že agendu by mělo vykonávat ministerstvo zahraničí. Plán vyvolal i spor ve vládě. Zatímco premiér Petr Nečas (ODS) státního tajemníka obhajuje, ministr financí Miroslav Kalousek (TOP 09) ho kritizuje. 

Po zrušení funkce ministra pro evropské záležitosti se podle místopředsedy sněmovního zahraničního výboru Jana Hamáčka (ČSSD) ukazuje, že evropská agenda "visí ve vzduchu". Není podle něj možné, aby ji koordinovalo ministerstvo zahraničí. "Má přesah do všech resortů a ministerstvo koordinaci zvládnout nemůže," řekl Hamáček. 

Podle místopředsedkyně výboru za KSČM Kateřiny Konečné ale má ministerstvo dostatek kvalifikovaných zaměstnanců a patří pod něj i česká mise v Bruselu. "Bylo by to jednodušší než zřizovat státního tajemníka," řekla Konečná, podle níž by na ministerstvu mohl působit náměstek pro EU. "Právě proto, že věci, které se v EU řeší, se týkají všech ministerstev, myslím, že to může pokrýt jeden člověk," podotkla Konečná. 

Státní tajemník se podle Hamáčka blíží francouzskému modelu sekretariátu pro evropské záležitosti při úřadu předsedy vlády. "Francie je schopná své evropské politiky koordinovat. Na rozdíl od České republiky, kdy někdy levá ruka neví, co dělá pravá," dodal Hamáček. 

Konečná ale poukazuje na to, že koalice vyhlašovala snížení počtu různých orgánů. "Nakonec to naroste jinde pod jiným názvem," poznamenala poslankyně. 

Podle Kalouska je státní tajemník podvodem na voliče, protože s plnými ministerskými pravomocemi se nebude lišit od ministra pro evropské záležitosti. Nečas s takovým názorem nesouhlasí, jako premiér prý evropský útvar potřebuje a odvolává se také na koaliční smlouvu. Spekuluje se o tom, že tajemníkem by mohl být šéf sekce pro evropské záležitosti na úřadu vlády Michal Sedláček.