Karzáí byl pro druhé kolo jediným kandidátem poté, co z volebního klání o víkendu odstoupil jeho vyzývatel, bývalý ministr zahraničí Abdulláh Abdulláh. Ten tak učinil kvůli údajné neprůhlednosti voleb, v jejichž prvním kole byly zrušeny tisíce podvodných hlasů ve prospěch Karzáího. 

"Nezávislá volební komise prohlašuje Hamída Karzáího prezidentem... Byl vítězem prvního kola a jediným kandidátem v druhém kole," řekl předseda volební komise Azízulláh Ludín. Rozhodnutí komise zdůvodnil tím, že chce ušetřit Afghánce nákladů a rizik spojených s dalším kolem voleb, ve kterém by usiloval o vítězství jen jeden kandidát. 

V prvním kole voleb v srpnu zvítězil Karzáí se ziskem 49,67 procenta hlasů, druhý nejúspěšnější Abdulláh si připsal 30,59 procenta. Hlasování ale poznamenaly rozsáhlé podvody, kvůli kterým musely být desetitisíce hlasů anulovány. 

Po dlouhém přemlouvání zahraničních diplomatů přistoupil Karzáí na konání druhého kola voleb, jeho soupeř Abdulláh ale o víkendu z volebního boje odstoupil. Své rozhodnutí zdůvodnil neochotou Karzáího přistoupit na jeho požadavky, včetně výměny šéfa volební komise, která by podle něj zmenšila riziko dalších neregulérností. 

Do Afghánistánu při příležitosti jednání o volbách přiletěl na nečekanou návštěvu generální tajemník OSN Pan Ki-mun. Afghánce ujišťoval, že OSN bude pokračovat ve svých operacích v zemi, přestože útoky povstaleckých skupin neustávají. "Nebudeme odrazeni... Nadále budeme stát při afghánském lidu na jeho cestě za prosperitou a mírem," uvedl. 

Zrušení druhého kola voleb ušetří organizátorům práci s uspořádáním hlasování v některých těžko dostupných oblastech před začátkem zimy. Povstalecké hnutí Taliban také před týdnem vyzvalo k bojkotu plánovaných voleb a hrozilo všem hlasujícím násilnými útoky. Při prvním kole zemřely v důsledku povstaleckých útoků desítky civilistů.