Způsob, jakým kraje postupovaly, je podle firmy netransparentní a diskriminační.

I když konkurenční firmy nabídku podaly, kraje je neporovnaly a zadaly zakázku Českým drahám, přestože jejich nabídka byla dražší, uvedla Student Agency. Reakce Asociace krajů zatím není k dispozici. 

O provoz regionálních vlaků usilovala dceřiná firma SA RegioJet. Loni chtěla podat nabídku čtyřem krajům, které se chystaly vypsat výběrové řízení. Tendr na tři tratě nakonec vypsal jen Plzeňský kraj, ale za čtyři dny jej zrušil a zakázku dal na deset let ČD.

RegioJet údajně nabízel kraji roční úsporu 45 až 50 milionů korun oproti nabídce ČD. Na jihu Moravy se RegioJet ucházel o elektrické trati, kde by byla podle firmy roční úspora 180 milionů korun. Kromě RegioJetu se o zakázky ucházeli i velcí evropští dopravci jako francouzská Veolia Transport nebo britská Arriva.

Evropská komise v současné době řeší dva podobné případy v Německu, oba jsou v závěrečných fázích, uvedla firma. Komise podle Jančury prozatím sdělila, že netransparentním a diskriminačním postupem byla s největší pravděpodobností poskytnuta podpora neslučitelná s trhem a bude požadovat nápravu. "Případy jsou velmi podobné, proto věříme v naše vítězství," řekl Jančura. 

Firma ve stížnosti požaduje také prověření čerpání evropských dotací na nákup nových souprav na základě uzavřených smluv mezi kraji a ČD. Jedna z podmínek pro jejich čerpání požaduje, aby žadatel prokázal, že nabídl kraji nejlepší podmínky, což je možno ověřit pouze soutěží. 

"Některé kraje si ale svoji chybu už uvědomují a začínají uvažovat o výběrových řízeních. Do dnešního dne nás v této věci kontaktovaly již tři kraje," řekl Jančura. 

Pokud podnět uspěje, musely by podle něj kraje vracet zhruba miliardu korun ročně z regionální podpory i dotace z evropských programů ROP, kde mají rezervovány čtyři miliardy korun na nové vozy.