Zatím se neví, zda dvojice zadržených má být podezřelá přímo z vraždy podnikatele a politika, nebo z podílu na ní.

Zatímco vyšetřovatelé míří zase kavkazským směrem (stejně jako v případě vraždy nepohodlné novinářky Anny Politkovské, která se severním Kavkazem alespoň profesně zabývala), opozice viní z vraždy vedení země včetně prezidenta Vladimira Putina.

Němcov patřil k jeho nejhlasitějším kritikům. Putinově vládě byl trnem v oku řadu let kvůli domácí politice, v poslední době ale podnikatel také shromažďoval důkazy o ruské účasti ve válce na východě Ukrajiny.

Jeho smrt ale prý může také souviset s jeho politickou činností v Jarloslavli, kde byl poslancem oblastního sněmu a poukazoval na machinace tamního vedení.

Kromě kavkazské stopy mají ruští vyšetřovatelé i další verze v rukávě, vražda Němcova mohla být podle nich diverzní akcí s cílem poškodit Putina, a mohla mít také souvislost se soukromým životem bohatého opozičního předáka či jeho podnikatelskými aktivitami.