Ministerstvo vnitra v říjnu 2006 občanské sdružení rozpustilo, pražský městský soud ale letos v lednu rozhodnutí zrušil. 

Ministerstvo vnitra ve správním řízení občanské sdružení rozpustilo především kvůli obsahu jeho programu uveřejněného na internetových stránkách. Podle úřadu program propagoval myšlenky směřující k odstranění soukromého vlastnictví výrobních prostředků a jeho nahrazení společenským vlastnictvím.

Podle KSM však ministerstvo postupovalo v rozporu s ústavně zaručenou svobodou projevu a s jeho právem vyhledávat a šířit informace a svobodně se sdružovat. 

V březnu 2008 soud žalobě svazu nevyhověl, dospěl k závěru, že rozhodnutí ministerstva bylo v souladu se zákonem. Nejvyšší správní soud pak ale na základě kasační stížnosti KSM nařídil žalobu znovu projednat. V lednu pak pražský městský soud rozhodnutí o rozpuštění svazu zrušil. 

V tiskové zprávě členové KSM uvedli, že obnovení činnosti svazu chápu jako "veliké vítězství nejen komunistického hnutí, ale i všech demokratických a pokrokových sil v ČR". Členové svazu zároveň vyzvali k boji proti antikomunistickým a protidemokratickým kampaním a opětovným snahám o zrušení KSM a KSČM.