Vnitro vedlo řízení se Zlínským, Jihočeským, Ústeckým, Královéhradeckým a později i se Středočeským, Pardubickým, Moravskoslezským a Libereckým krajem. Krajské správy odmítly upravit podle ministerstva nezákonný způsob, jakým poplatky občanům proplácejí. 

"Důvodem přerušení řízení je návrh podaný dne 15. února 2010 zastupitelstvem Ústeckého kraje k ústavnímu soudu," uvedla Malíková. Soud by měl podle Asociace krajů definitivně rozhodnout, zda je systém poskytování peněz na úhradu regulačních poplatků činností, kterou kraje zasahují do výlučné kompetence státu regulovat oblast veřejného zdravotního pojištění. 

Regulační poplatky zavedl bývalý ministr zdravotnictví Tomáš Julínek (ODS). Systém byl od té doby upraven. Nyní se platí 30 korun v ambulanci a za položku na receptu, pokud je lék levnější než 30 korun, za den v nemocnici 60 korun a za pohotovost 90 korun. Osvobozeny od poplatků v ambulancích jsou děti do 18 let. Snížil se jim navíc ochranný limit z 5000 korun na 2500 korun, stejně jako lidem nad 65 let. 

V Praze se regulační poplatky neproplácejí. Plzeňský kraj, podle kterého se inspirovaly kraje Olomoucký a Karlovarský, má systém úhrady regulačních poplatků podle vnitra v souladu se zákonem. Pacient v krajském zařízení zaplatí poplatek, vyplní žádost, kterou zašle na krajský úřad. Tam jednou za měsíc proběhne schvalovací řízení. Rada rozhoduje, komu poplatek proplatí a komu ne. Pak peníze odešle na účet nebo poštovní poukázkou. 

Lidé, kteří chtějí, aby za ně v některé z krajských nemocnic poplatky uhradil Ústecký kraj, podepisují čestné prohlášení. Tím přijímají závazek kraje, že za ně poplatek zaplatí, a v nemocnici již nic nehradí. Například Pardubický kraj pak používá darovací smlouvy, v Libereckém kraji zase pacienti, podepíšou doklad, jímž uznají svůj dluh a souhlas s úhradou.