Politici se rozcházejí v názoru na dopad výjimky na české občany. Klaus ji požadoval jako ochranu před případnými snahami o prolomení Benešových dekretů, současně bude ale zřejmě znamenat i určitá omezení. Podle ODS je zbytečná, zelení a ČSSD dokonce soudí, že české občany poškodí. Podle ČSSD vláda jako vyjednavač selhala. 

Grémium ČSSD uvítalo dohodu, s tím, že umožňuje velmi rychle dokončit ratifikaci. Předseda vlády Jiří Paroubek však vládu kritizoval za to, že místo výjimky vztahující se k Benešovým dekretům dojednala výjimku z listiny základních práv. S ministrem zahraničí a právníky chce ČSSD ještě diskutovat o tom, "co to vlastně znamená". 

Obavy směřují k tomu, že čeští občané se nebudou moct obracet na soud pro lidská práva a podobně, uvedl šéf ČSSD. K prolomení Benešových dekretů by podle něj stejně mohlo teoreticky dojít během dvou až tří let, než bude dohoda ratifikována ve všech zemích evropské sedmadvacítky. 

"Znamená to oslabení práv českých občanů v unii. Příští politická generace tuto chybu, pevně věřím, napraví," reagoval na přijetí výjimky předseda zelených Ondřej Liška. EU dala podle Lišky Česku lekci z evropanství a velkorysosti, i když fakta svědčí jasně pro to, že Klausovy obavy nemají oporu v realitě.

"Členové unie ustoupili ve prospěch lisabonské smlouvy. Pochopili, že smlouva je důležitější než boj s jedním svérázným prezidentem. Za svého prezidenta i oslabení svých vlastních práv v unii si můžeme ovšem sami," soudí Liška. 

Dodatek k lisabonské smlouvě odmítají odbory. Zřeknutí se listiny základních práv a svobod pro ČR podle nich povede k tomu, že čeští občané nebudou moct u evropských orgánů uplatnit svá sociální, pracovněprávní a další lidská práva v případě jejich porušení. 

Předseda lidovců Cyril Svoboda řekl, že nyní by měl prezident smlouvu podepsat, protože kriterium, které si dal, sedmadvacítka splnila. Evropská unie podle Svobody ukázala vstřícnost, když Klausovým požadavkům vyhověla. "Jestli bude ratifikováno, tak jsme ve vlaku s ostatními, můžeme nominovat dobrého kandidáta na eurokomisaře a zapomeneme na tu příhodu. Doufám, že žádné ústrky nebudou," řekl Svoboda. 

Výjimka je pro Česko pozitivní, sdělil mluvčí ODS Martin Kupka s tím, že strana už téma komentovala v dřívějších vyjádřeních. Předseda ODS a bývalý premiér Mirek Topolánek v posledních týdnech tvrdil, že Klaus lisabonskou smlouvu nakonec podepíše, vyhýbavé odpovědi podle Topolánka patří k prezidentově politickému stylu. 

Podle předsedy Evropské komise José Barrosa neznamená vyšší počet zemí s výjimkou z Listiny základních práv EU větší problém a je daní za rozmanitost společenství. Neznamená však, že Česko, Polsko a Velká Británie nebudou muset respektovat základní práva EU. Ta jsou totiž obsahem i dalších právních dokumentů. Listina základních práv tak stanovuje jen práva občanů v případě, že se budou obracet na unijní instituce, především Evropský soudní dvůr v Lucemburku.