Pernes od nástupu do funkce počátkem dubna čelí kritice některých odborníků, disidentů i podřízených za to, že při výběru šéfa úřadu údajně zatajil předlistopadové studium komunistické Večerní univerzity marxismu-leninismu (VUML). Kritiku vyvolaly i personální změny, které provedl.

Pernes, který ve výběrovém řízení na ředitele dostal více hlasů Rady ÚSTR než jeho předchůdce Pavel Žáček, uvedl, že zveřejnění informací o studiu VUML nepovažoval za podstatné. Pokud jde o personální změny, hned v den svého jmenování 1. dubna mimo jiné odvolal dva náměstky ředitele. Uvedl, že na obsazení některých funkcí vypíše výběrové řízení a objedná nezávislý personální audit ústavu.

Stoupenci i odpůrci Pernese zorganizovali několik petic. Nového ředitele podpořilo na 70 historiků a archivářů ÚSTR a Archivu bezpečnostních složek. Naopak nejméně tři lidé se v souvislosti se jmenováním Pernese vzdali členství ve vědecké radě ústavu.

Personální změny by ve středu měla projednat Rada ÚSTR. V úterý se kvůli situaci v ústavu bude konat veřejné slyšení petičního výboru Senátu. Jeho hlavním tématem je petice za vypsání nového výběrového řízení na funkci ředitele ÚSTR a zrušení výsledku řízení, v němž byl vybrán Pernes.

Bývalý ředitel ústavu Žáček čelí trestnímu oznámení, které podal publicista Petr Uhl. Ze zveřejněného textu člena vědecké rady ÚSTR Viléma Prečana totiž podle Uhla plyne podezření, že se v souvislosti s odchodem Žáčka z vedení ústavu převedly na soukromé nosiče miliony stran archivních materiálů v elektronické podobě. Možným motivem by podle publicisty mohl být úmysl zneužít písemnosti komunistické Státní bezpečnosti.