Zatímco na státních vysokých školách trvá studium v bakalářském programu tři roky, u Komenského na to 1718 z 6641 studentům stačilo méně než dva roky. Z toho 1491 zvládlo diplom získat za pouhý rok a našlo se i pár "geniálně nadaných" studentů, kterým na to stačilo dokonce méně než půl roku.

Podle akreditační komise je to důkaz závažných systémových pochybení. Právníci UJAK však tvrdí, že za kratší dobou studia většinou stálo to, že na školu přecházeli studenti z jiných univerzit, případně si doplňovali vzdělání po studiu vyšší odborné školy.

Početní důkazy komise připojila k již stávající dlouhodobé kritice přijímání nadměrného počtu studentů v poměru k přednášejícím.

Největší problémy má škola s oborem speciální pedagogika, kterému akreditace vyprší 30. září. Studenti závěrečného ročníku dostali šanci skládat státnice na státní škole. Nicméně odborná komise, která hodnotila jejich studium, u naprosté většiny z nich uvedla, že k připuštění ke státnicím nesplňují základní předpoklady jako splnění povinné praxe a kvalitní diplomová práce.

UJAK všechny výtky i nadále odmítá a považuje je za snahu poškodit jméno školy.O odebrání státního souhlasu a s tím spojeném zániku školy musí rozhodnout ministerstvo školství, rozhodování ale může trvat roky.