Pernes při výběrovém řízení zvítězil nad dosavadním ředitelem Pavlem Žáčkem.

Jejich stanovisko poskytl historik ÚSTR Zdeněk Hazdra, vedoucí oddělení zkoumání doby nesvobody s tím, že jde o postoj drtivé většiny historiků a archivářů, kterých je v ústavu kolem osmdesáti. 

Pracovníci ústava ve stanovisku, které chtějí předat Radě ÚSTR, rovněž vyjádřili obavy z politizování posledních událostí kolem ústavu. Uvedli, že plně respektují výsledky výběrového řízení a že ho považují za "výsledek svobodné a demokratické volby Rady ÚSTR". Ta by podle nich neměla být zpochybňována různými mediálními a bohužel i politickými tlaky a zájmy. Proti Pernesovi se staví zejména ODS. 

Domnívají se, že za uplynulé dva roky činnosti ÚSTR a ABS jsou vidět kvalitní výsledky, nevidí ale důvod, proč nepokračovat pod vedením ředitele, který vzešel z demokratické volby. Vyzvali rovněž politiky, aby se vyvarovali ovlivňování a účelového předvolebního komentování dění v ÚSTR. "Nechceme se stát hračkou v rukou politiků. Ty radní, kteří vytrvale zpochybňují výsledek výběrového řízení, vyzýváme, aby ctili demokratické rozhodovací principy," uvedli v textu. 

Pernesovo jmenování doprovázely spory o regulérnost výběrového řízení a jmenování. Největší rozruch vyvolala informace v médiích, že Pernes zatajil před Radou ÚSTR informaci o tom, že za bývalého režimu navštěvoval Večerní univerzitu marxismu leninismu (VUML), což bylo školení pro nekomunistické vedoucí zaměstnance kulturních či jiných nevýrobních zařízení. Pernes řekl, že tuto informaci nepovažoval za podstatnou. 

Do funkce nastoupil nový šéf 1. dubna. Na protest proti způsobu výběrového řízení odstoupili někteří členové vědecké rady. Další člen vědecké rady, známý historik a zakladatel Ústavu pro soudobé dějiny Akademie věd Vilém Prečan Pernese naopak podpořil a varoval před politizací ÚSTR. ODS si podle něj ústav přivlastňuje.

Předseda senátorů ODS Tomáš Julínekv úterý řekl, že ODS navrhne projednání nynější situace v ústavu na dubnové schůzi Senátu kvůli pochybnostem o způsobu výběrového řízení a Pernesova jmenování. Jmenovala ho totiž do funkce pověřená členka rady Petruška Šustrová poté, co to odmítla udělat předsedkyně rady Naděžda Kavalírová. 

Pernes si vysloužil kritiku i za to, že v den nástupu do funkce odvolal oba Žáčkovy náměstky a dva ředitele, funkci šéfa oddělení ekonomiky a rozpočtu opustil Jaroslav Kolčava. Některé funkce ale hodlá obsadit výběrovým řízením a chystá také nezávislý personální audit. O postupu bude informovat Radu ÚSTR, řekl tiskový mluvčí ústavu Jiří Reichl.

Pernes jednal se svým předchůdcem Žáčkem. Exředitel by mohl odpovídat za sestěhování všech archivních fondů, které jsou nyní rozptýleny v různých lokalitách, do jedné budovy. Zatím ale Pernes a Žáček nedospěli k žádnému závěru, jednání budou pokračovat, uzavřel mluvčí.